精索静脉结扎术常见的术后并发症主要有：术后水肿、睾丸动脉损伤和精索静脉曲张复发等。相对于传统术式而言，显微外科精索静脉结扎术由于其自身的清晰视野而降低了术后并发症的机率。
精索静脉曲张术后的三种并发症：
水肿
精索静脉结扎术后水肿是最常见的并发症。发生率为3%～33%，平均为7%，淋巴管损伤或被结扎是引起水肿的主要原因。而运用显微外科精索静脉结扎术进行治疗，可以将显微镜放大倍数调至高倍(×10)，十分有助于淋巴管的鉴别，极大地降低了的手术对淋巴管的误伤。
睾丸动脉损伤
精索静脉曲张患者在手术后可能会出现睾丸萎缩或精子缺乏的情况，导致手术无效。这种后果，多数是由于手术时视野不清晰或者手术医师经验不丰富，以致于结扎或损伤睾丸动脉而引起的。动物实验和对人的研究表明，睾丸动脉结扎会很大程度地引起睾丸损害，尤其是不育症患者。
精索静脉曲张复发
精索静脉结扎术后复发率为0.6%～45%。最常见于青少年患者。这与手术术式落后、手术医师技术水平不佳都有着紧密的关系。由于技术或解剖方面的因素，使得运用传统手术方式进行精索静脉结扎术难免会发生漏扎、误所等情况。
相对于传统术式而言，外环下途径应用显微外科手术结扎所有的静脉，复发率较低。这是目前精索静脉曲张手术中最为先进的手术方式。
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